Футбольный клуб «Динамо» был основан в 1927 году. Команда становилась обладателем Кубка РСФСР 1967, а также восьмикратным чемпионом Дагестана (1937, 1938, 1939, 1940, 1946, 1953, 1954, 1957). Участник первенства СССР в 1946 году, 1958–1991 и первенства России в 1993–2006 годах. Расформирован в 2007 году. Возрожден на базе ФК «Махачкала». В разные годы клуб носил названия «Темп» (1958–1960), «Динамо-Имамат» (1996–1997), «Динамо» (1998–2007).
С 2011 года в третьем дивизионе (зона ЮФО/СКФО) выступает команда, имеющая в своем названии слово «Динамо»: «Динамо-Дагестан» (2011–2015, 2017), «Динамо-Дагестан-Судостроитель» (2018), «Динамо-Дагестан-Анжи» (2019), «Динамо-Дагестан» (2020). В разные годы команду тренировали Александр Соколов, Георгий Жарков, заслуженные тренеры РСФСР Иван Золотухин, Владимир Шувалов, Иван Золотухин, Александр Маркаров, Юрий Севидов, Александр Решетняк, Касим Акчурин, Магомед Исаев, Леонид Назаренко. Через год после основания клуба был построен стадион, на котором проводились матчи команды.
Долгое время «Динамо» было главной командой дагестанского футбола. В 1946 году клуб дебютировал в третьей советской лиге в зоне «Северный Кавказ». По итогам сезона, «Динамо» заняло седьмое место из восьми возможных, из-за этого команда была распущена и не выступала в чемпионатах СССР до 1958 года. В сезонах 1953, 1954 и 1957 годов «Динамо» вновь завоевало золотые медали чемпионата Дагестана, став восьмикратным чемпионом республики. В 1958, под новым названием «Темп», команда начала выступления в зональном первенстве первой лиги. В 1960 году ей было возвращено старое название – «Динамо».
В 1967 году «Динамо», во главе с Иваном Золотухиным, стало победителем зонального турнира «Класса «Б» и поднялось во вторую группу класса «А» (первую лигу). В 1971 году, после реорганизации чемпионата, команда начала выступление во второй лиге. В 1989 году «Динамо» заняло 17-е место и вылетело во вторую низшую лигу. В 1993 году «Динамо» начало выступать во Второй лиге России. В 1994 году команда заняла 20-е место в западной зоне. В течение следующих трех лет выступала в третьей лиге, в 1996–1997 годах носила название «Динамо-Имамат». В 1998 году после реформирования структуры лиг «Динамо» получило право выступать во втором дивизионе. В 2003 году «Динамо» заняло первое место в зоне «Юг» второго дивизиона и поднялось в первый дивизион. В 2005 году клуб занял шестую позицию в первом дивизионе – самое высокое место в своей истории.
После окончания сезона 2006 года клуб, дошедший к тому времени до 1/8 финала в Кубке России, был лишен лицензии и в 2007 году выступал в третьем дивизионе. В 2011 году в третьем дивизионе начала выступать команда «Динамо-Дагестан». За команду играли такие мастера, как Рафаэль Сафаров, Камиль Асеев, Махач Керимов, Муратбек Мурзаев и другие дагестанские футболисты. В разные годы они были лидерами в клубе – на поле и за его пределами. Затем готовили резерв для команд мастеров. Одним из самых ярких игроков в истории команды является забивной форвард Александр Маркаров. Он является лучшим бомбардиром вторых лиг отечественного футбола – 262 мяча. Подавляющее количество мячей было забито им за «Динамо». В махачкалинском клубе Маркаров провел более 10 лет. В 1977 году он забил 34 мяча. Все это время ему предлагали перейти в другие клубы, но нападающий остался в команде. Сегодня Александр Маркаров – директор республиканской ДЮСШ при Минобрнауки Дагестана. Именно воспитанники этой школы сейчас составляют костяк дагестанских клубов.
29 июня 2021 года было объявлено о возрождении футбольного клуба.
