Тяжелым испытанием для всей страны стала Великая Отечественная война 1941-1945 годов. Более 200 человек из села Марага ушли на фронт. Многие из них погибли в первые годы войны. Вернулись только 60 человек. Советское правительство в те годы в крупных населенных пунктах открывало детские дома. Марагинский детдом открылся в 1944 году в селе Марага Табасаранского района. Местность, где находился детдом, называется «Гумрал магал». Заведение рассчитано было на 45 мест. Но там постоянно детей бывало больше.
При детдоме была пекарня, которая обеспечивала детей хлебом, что было немаловажно в то тяжёлое время.
Проблем в детдоме в военные годы было немало. Из-за отсутствия сапожной мастерской инструктор по труду занимался ремонтом обуви на дому. Из музыкального оборудования в детдоме была только гармонь. И тем не менее все кружки работали исправно. В свободное от учёбы время дети занимались в кружках: хоровом, танцевальном, драматическом, физкультурном и рукодельном.
Также не хватало мебели: не было железных кроватей (были деревянные, на которых очень жёстко было спать), ни одного дивана, книжных шкафов, зеркал, тумбочек (была 1, при норме в 6) и пр.
Большинство проблем решилось в 1948-1950 гг. Была открыта швейная мастерская на площади 16 м2. 12 учащихся на 3 швейных машинках обучались секретам кройки и шитья. Для глажки одежды и белья в мастерской было 3 утюга.
Столярная мастерская к 1950 году тоже имела свой инвентарь: тиски, напильники, стамески, рубанки фуганки и пр.
В сапожном цеху при ремонте старой и изготовлении новой обуви использовались молотки, клещи и лапы.
В библиотеке насчитывалось 77 экземпляров книг. Детдом получал по подписке 7 наименований газет и журналов: газеты «Правда», «Литературная газета», «Учительская газета», «Дагестанская правда», «Колхозная жизнь»; журналы «Мурзилка» и «Пионер».
По состоянию на 1947 год из сельхозживотных в собственности детдома было 2 лошади. На них и пахали и возили воду. Из птиц в наличии были только 2 утки.
Земли, обрабатываемые детдомом, принадлежали колхозу «Ленин ёлу» (село Марага).
Для перевозки грузов зимой использовались сани, запряжённые лошадьми, а летом арба
К 1950 году за детдомом по описи числилось: патефон, гармонь, мандолина, гитара, балалайка.
В том же году библиотечный книжный фонд перевалил за 1000 экземпляров.
По утрам весь детдом просыпался под звуки горна. После зарядки проводились утренние процедуры. Затем – завтрак. Далее – занятия в школе. После уроков – обед. Затем проводились кружковые занятия и трудовые работы. Вечером дети выполняли домашние задания и готовились к урокам. Затем – ужин и отбой. Раз в неделю был банный день.
Первым директором детского дома был назначен Шихмагомедов Мугутдин Магомедович. Через несколько лет руководителем детского дома стал Меджидов Гамид из селения Хели-Пенджик. Но эти люди не имели педагогического образования. Очередным директором был назначен Зал из Хели-Пенджика, после него Рамазан, затем Абакар из с. Хурик Табасаранского района. В начале 1950-х годов директором детского дома был назначен Тарикулиев Сейфетдин Тарикулиевич, специалист с педагогическим образованием. С 1953 по 1955 годы в Марагинском детском доме директором работал Мирзаев Фикрет Казиевич. В 50-е годы обучались в детском доме 100-120 детей.
Что касается персонала, то в 1947-1950 гг. из 14 работников 7 оказались представителями недагестанских народов (6 – русских, 1 – осетинка). Они были и воспитателями, и руководителями кружков, и даже выполняли работу завуча. В те годы после окончания педагогических училищ и институтов молодых выпускников направляли в горные районы Дагестана. Из-за пределов Дагестана по распределению приехали выпускники Мценского педучилища Орловской области (Тютерева, Торсукова, Авдотьин), Даниловского педучилища Ярославской области (Пономарёва, Цветкова), Армавирского педучилища Краснодарского края (Заикина), Анжеро-Судженского педучилища Кемеровской области (Плотникова). И они с успехом справлялись с этой задачей. До сих пор старшее поколение с теплотой вспоминает тех молодых парней и девчат, которые открыли им новые горизонты.
Местные жители работали поварами и хозяйственниками. Долгие годы поваром работала Исмаилова Сона. Воспитательницей и помощницей работала Хидирова Кейханум Курбановна. Девушки их называли «мамой». Старшим пионервожатым в эти годы работал Шихмагомедов Адгем Саидгасанович.
Среди воспитанников можно назвать народного писателя Дагестана Ахмедхана Абу-Бакара, заслуженного учителя России Джугудая Бабаева.
Марагинский детдом был закрыт летом 1955 года. Оставшихся детей перевели в близлежащие детдома, здание передали Марагинской школе.